賃金はその全額を支払うことが原則となります（労働基準法第24条第1項本文）。
そのため、社宅家賃の賃料を賃金から控除する場合には、労働者の過半数で組織する労働組合又は労働者の過半数を代表する者（労働者の過半数で組織する労働組合がない場合）との間で賃金控除の労使協定を締結し（労働基準法第24条第１項但書）、就業規則等に賃金から社宅の費用を控除する旨を定めることにより可能となります。

なお、この労使協定は時間外労働・休日労働に関する協定届（36協定届）のように管轄労働基準監督署への提出は必要ありませんが、労使協定の締結なしに賃金を控除した場合には30万以下の罰金となる場合があります（労働基準法第120条第1項第1号）。
労働基準監督署の調査で発覚するケースが少なからずありますので、自社における労使協定の締結有無や控除対象となる具体的項目について確認をしておきましょう。