振替休日は、あらかじめ休日と定められている日を労働日とし、代わりに他の労働日を休日とすることをいいます。これにより、もともと休日であった日は、労働日に振り替えられるため休日労働とならず、休日労働に対する割増賃金の支払い義務も発生しません。
ただし、休日を労働日に振り替えたことにより１週40時間の法定労働時間を超える場合には、その超えた法定外労働時間に対して25％以上の割増賃金の支払いが必要です。

今回のケースでは、休日労働に対する割増賃金は不要ですが、日曜日を週の起算日とすると、週をまたいで休日を労働日と振り替えているため、週40時間を超えた法定外労働時間に対する割増賃金の支払いが必要です。

1週目：1日8時間×週5日＋日曜日8時間＝実労働48時間
→40時間を超えた8時間が法定外労働時間となり25％の割増賃金の対象

2週目：1日8時間×週4日（振替休日の木曜日を除く）＝実労働32時間
また、振り替えた労働日が1日8時間の法定労働時間を超えた場合や、深夜労働が発生した場合にも、それぞれ割増賃金の支払いが必要です。

振替休日の取得のためには、就業規則に休日を振り替えることができる旨を規定し、振り替えるべき日を事前に特定する必要があります。
その他、休日に労働させ事後的に労働日に休みを与える「代休」との違いや、振替休日と1週1休（4週4休）との関係性など、気にすべき点が多い制度です。適切な運用ができるか心配な方は、専門家に相談してみるのもよいでしょう。