1か月60時間超の時間外手当を適正に支払うためには、日々の時間外労働の時間数を管理するだけでなく、法定休日と法定外休日を区分けし、カウントの対象となる時間を正しく抽出する必要があります。
勤怠状況を正しく記録できる勤怠システムの導入は、社員の労働時間を適正に把握することに有効です。

残業を削減する取り組みも進める必要があります。業務フローの見直しによる業務効率化やノンコア業務のアウトソーシング化に加えて、時間外労働の警告基準（時間）を設定し、警告値を超えた時点で従業員本人とその上司に報告、指導を行う方法も有効です。
こちらも勤怠システムを活用することで効率的に行うことが可能となります。

割増賃金率の変更は就業規則への明記が必須です。事前に改訂を行い、所轄労働基準監督署に届け出る必要があります。

1か月60時間を超える法定時間外労働を行った社員の健康を確保するため、引上げ分の割増賃金を支払う代わりに有給の代替休暇を付与することが可能です。代替休暇制度の導入にあたっては労働者の過半数で組織する労働組合もしくは労働者の過半数を代表する者との間で労使協定を締結することが必要です。