国税庁公表の資料によりますと、法人税の実地調査件数は、令和2事務年度は25千件と、新型コロナウイルス感染症の影響により減少傾向にあった令和元事務年度の76千件から大幅に減少しました。その前年の平成30事務年度は99千件です。一方、令和2事務年度の不正発見割合、調査1件当たりの申告漏れ所得金額、追徴税額は、その前より増加しています。大口・悪質な不正計算等が想定される法人など、調査必要度の高い法人について実地調査を実施したことがうかがえます。また、「簡易な接触」の件数も増加しています。
「簡易な接触」とは、書面や電話による連絡や来署依頼による面接により、納税者に対して自発的な申告内容の見直しなどを要請するものになります。悪質な納税者には厳正な調査を実施する一方で、その他の納税者には簡易な接触を行い、効果的・効率的な事務運営を図っていることがうかがえます。

コロナ禍での税務調査について、国税庁は身体的距離の確保や手洗い・マスク着用等の感染防止策のほか、職員の人数や滞在する時間を可能な限り最小限にするといった感染症対策を徹底すると公表しています。
実際の税務調査でも、実地調査の日数を減らす代わりに帳簿書類等の預かりやデータでの提出を求める、高齢の経営者へのヒアリングを後日にするなど、状況に即して様々な対応が取られています。

税務調査の効率化を進める観点から、大規模法人を中心にWeb会議システム等を活用したリモート調査が実施されています。調査担当者は調査法人の会議室等へ臨場し、Web会議システムを利用して別の部屋にいる経営者や従業員、また支店や営業所への聞き取りを行い、対面での調査を抑制しています。また、調査法人のネットワーク回線をつないでデータサーバーへアクセスし、直接データを収受する仕組みも公表されています。

令和4年1月から、税務調査等で提出を求められた資料をe-Taxにより提出することができるようになりました。提出するデータはPDFに限られ、送信する際には調査担当者から個別に伝えられる「提出先調査部門等番号」が必要になります。