2009年5月、近畿地方で新型インフルエンザの感染が確認され、大阪の地下鉄ではほとんどの乗客がマスクをつけて乗車するという光景が見られました。キヤノンMJグループでも近畿への出張等が制限されました。
パンデミック（感染症の世界的流行）もリスクの一つに挙げられます。パンデミックでは、自社社員の行動が地域社会に悪影響を及ぼすことも考えられます。

下記例ではWHO（世界保健機関）の警報フェーズ をBCP発動の基準としています。

パンデミックの場合は時間的に余裕があり、インフラへの影響は限定的です。そのためBCPでは感染を広げない工夫に重点が置かれます。
社員が少しでも体調の異常を感じたら出勤を停止し、医療機関の診察を受けるようにする体制を構築します。個人の判断で「多少の熱だから大丈夫」ということがないよう、注意する必要があります。