代表取締役から退く場合、退職金が支給されることが想定されます。株式譲渡の売却価額が退職金支給額も加味して決定されることから、株式の売却代金の一部を退職金として受け取ることが可能です。
その場合、退職金による退職所得と株式譲渡による譲渡所得が発生します。退職所得は（退職金－退職所得控除額）×1／2 の額に税率（実質0％から約27.5％）を乗じて課税、譲渡所得は譲渡益に税率（約20％）を乗じて課税される形となり、株式譲渡のみの場合と比較して税務的に有利になる可能性があります。株式の取得価額や役員の任期により判定が変わるため、退職金の支給には検討が必要です。

令和5年改正で中小企業事業再編投資損失準備金制度が創設されました。M&A 実施後に発生し得るリスク（簿外債務等）による株式等の価格低下による損失に備えるため、経営力向上計画の認定の下取得した株式等の取得価額の70％以下の金額を中小企業事業再編投資損失準備金として損金算入を可能とするものです。この準備金は、5年間の据え置き期間経過後、原則5年間で均等に取り崩して益金算入します。また、令和6年改正で産業競争力強化法の改正を前提に、複数回のM&A を実施する場合、積立率を2回目90％、3回目以降100％とし、据え置き期間を10年とする措置が加えられました。

M&A 促進を目的として、会社法改正により「株式交付制度」が創設されました。買収会社が自社株式を買収対価としてM&A を行う際、税務上、対象会社株主は株式譲渡損益の課税を繰り延べることができます。買収会社も株式交付により買収に係る資金調達が軽減される効果があります。
ただし、政策目的に反して上場企業オーナーの節税目的ともみられるような、株式交付制度を利用した資産管理会社への保有株式の移転をするケースが散見されました。そのため、株式交付直後に株式交付親会社が同族会社に該当する場合の取引は株式交付制度の対象外とされました。（令和5年改正）

M&A を支援する補助金として、事業承継・引継ぎ補助金があります。事業承継・引継ぎ補助金は、事業承継を契機として新しい取り組み等を行う中小企業等及び、事業再編等に伴う経営資源の引継ぎを行う中小企業等を支援する制度です。補助の対象となる取組内容や経費の種類に応じて、「経営革新枠」、「専門家活用枠」、「廃業・再チャレンジ枠」の3事業で補助されます。例えば、「専門家活用枠」を活用する場合、M&A に係る専門家等の活用費用が2／3または1／2、上限600万円まで補助されます。
（事業承継・引継ぎ補助金／中小企業庁）